Στη σύσταση αρχηγείου ελληνικής ακτοφυλακής προχωρά το υπουργείο Προστασίας του Πολίτη, ύστερα από εντολή του πρωθυπουργού Γιώργου Παπανδρέου, ενώ σύμφωνα με δηλώσεις του κυβερνητικού εκπρόσωπου Γιώργου Πεταλωτή, το αρχηγείο θα έχει την ευθύνη αστυνόμευσης, προστασίας και παροχής ασφάλειας των ελληνικών ακτών. Κύριος λόγος σύστασης του νέου σώματος άλλωστε είναι το γεγονός ότι οι υπάλληλοι του Λιμενικού φαίνεται να μοιράζονται ανάμεσα σε δύο υπουργεία μέχρι στιγμής, στο Θαλασσίων Υποθέσεων, Νήσων και Αλιείας και στο Προστασίας του Πολίτη, ενώ δεν είναι ξεκάθαρο το πού ακριβώς υπάγονται οι αρμοδιότητες του κάθε στελέχους.
Η ρύθμιση αυτή στόχο έχει να φέρει τέλος στη σύγχυση που προκαλείται από τα λειτουργικά προβλήματα που δημιουργούνται στην ιεραρχία και στη διοίκηση. Μεταξύ άλλων, αυτή τη στιγμή υπάρχει σοβαρό πρόβλημα προμηθειών αναγκαίων ανταλλακτικών για σκάφη, αφού αυτά ανήκουν στο υπουργείο Προστασίας του Πολίτη, ενώ η διεύθυνση προμηθειών ανήκει στο ΥΘΥΝΑΛ. Προς το παρόν, είναι πιθανό ότι στο αρχηγείο της ελληνικής ακτοφυλακής θα ενταχθούν οι διευθύνσεις του Λιμενικού που σχετίζονται με την αστυνόμευση (Ασφάλεια και Λιμενική Αστυνομία) και τα επιχειρησιακά μέσα, οι οποίες ανήκουν στο υπουργείο Προστασίας του Πολίτη. Αντίθετα, στο ΥΘΥΝΑΛ θα ενταχθεί το Λιμενικό Σώμα και μια σειρά από αρμοδιότητές του σχετικές με την ποντοπόρο ναυτιλία, την ακτοπλοΐα, τη ναυτική εργασία κ.ά.